Honduras giáp với Biển Caribe ở phía bắc và Thái Bình Dương ở phía nam qua Vịnh Fonseca. Khí hậu thay đổi từ nhiệt đới ở những vùng đất thấp tới ôn hoà tại các vùng núi. Các vùng trung tâm và phía nam nóng và có độ ẩm thấp hơn so với bờ biển phía bắc.

Lãnh thổ Honduras chủ yếu gồm đồi núi (~81%), nhưng cũng có những đồng bằng hẹp chạy dọc ven biển, một vùng rừng rậm đất thấp còn hoang sơ ở phía đông bắc La Mosquitia và vùng đất thấp rất đông người ở tại thung lũng San Pedro Sula ở phía tây bắc. Tại La Mosquitia có địa điểm di sản thế giới của UNESCO là Río Plátano Biosphere Reserve, với con Sông Coco là biên giới tự nhiên với Nicaragua. Xem Các con sông Honduras.

Các nguồn tài nguyên thiên nhiên gồm gỗ, vàng, bạc, đồng, chì, kẽm, sắt quặng, antimony, than, cá, tôm, và thủy điện.